遺伝子を導入が適切な位置に行われないと，時に，癌遺伝子などの遺伝子を活性化してしまうことがある．

調節遺伝子の誤まった位置への挿入 (7K)

眠っていた癌遺伝子を活性化してしまう (11K)

既存の遺伝子のうち既に一方の遺伝子に欠失や変異が存在する場合には，遺伝子の導入が適切な位置に行われないと，その遺伝子を分断して酵素活性を失わせてしまうことがある．
これが癌遺伝子を抑制する遺伝子などに起きると，癌を発生させることがある．

他の遺伝子の中に遺伝子が挿入 (7K)

もう一方の遺伝子が働き酵素の機能が維持される (9K)

一方の遺伝子が変異しており，正常な遺伝子の中に治療用の遺伝子が挿入 (7K)

治療用の遺伝子は機能するが，挿入された遺伝子の酵素活性は失われる (9K)