本学では、「患者に優しい医療」をテーマに全学的に医学研究を推進しています。研究活動の推進のため「医学総合研究所」を設置し、基礎医学研究を強力に推進するとともに、学内の研究の推進を全学的にサポートしています。また、研究者間の知識の交流を図ることを目的として「医学会」が設置され、「医学会総会」など学術集会の開催や「東京医科大学雑誌」の発行などを行い、学内の共同研究の推進を図っています。また、異分野との連携による共同研究にも力をいれており、工学院大学との分野横断型共同研究を推進しています。